某城有明代万历年所建古寺，寺内有双塔；塔院两座高塔连线的神秘走向，寺院建筑上意涵深奥的砖雕，主殿前栽种姿态雍容的牡丹花，这都是一位明代高僧的精心杰作，似他为不可明言之事设下的密码。
三位学者组成的研究团队和一位国外资助人对寺内瘗藏的舍利子来源，开展了课题研究。
教授是研究团队的领导者，亦是这座寺院的守寺人后人；他为了满足上位野心，企图独自掌控一手资料和研究结果，派人跟踪监视研究过程，直至出谋囚禁资助人。
杀手为了实现夙愿和获得无价之宝，在执行指令的同时，为反手控制教授而铤而走险，对资助人和两位青年学者痛下狠手。
警方对杀手紧追不舍，最终以丝丝入扣的分析，解救了资助人和两位青年学者，为整个案件侦破起到了关键作用。
两位青年学者从历史资料入手，解读了这座寺院的“藏宝图”，破解了与万历李太后有关的一件佛门悬案之谜，找到寺内所藏佛舍利子的来源。
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