中国佛教医药全书》分为论医佛经、涉医佛经、僧医著作、居士医著四大部分，收入各种佛医文献三千多部。
在论医佛经部分，我们的采录标准有三：一为全经论及佛教医药，二为综合性经典中的专门经籍或专门章节全文论及佛教医药，三是佛医的思想贯穿全文。全经论及佛教医药的经典有：《佛说佛医经》《佛说医喻经》《佛说胞胎经》《治禅病秘要法》《千手千眼观世音菩萨治病合药经》《除一切疾病陀罗尼》《佛说呪时气病经》《根本说一切有部毗奈耶药事》等六十多部；综合性经典中的专门经籍或专门章节全文论及佛教医药的佛学著作有：《中阿含经》之《教化病经》与《自观心经》，《佛说兴起行经》之《佛说头痛宿缘经》《佛说骨节烦疼因缘经》《佛说背痛宿缘经》《佛说木枪刺脚因缘经》，《妙法莲华经》之《药草喻品》，《正法华经》之《药草品》，《大般涅盘经》之《现病品》，《金光明经》之《除病品》，《四分律》之《药揵度》，《十诵律》之《医药法》等八十多部；以佛医的思想贯穿全文的有《心经》《金刚经》《地藏菩萨本愿经》等十多部，但从文献的角度考虑，对没有医、药、病、体、食、养等直接论医内容者，我们对很多重点的经典还是忍痛割爱了，因此造成这部分的内容收录得比较少。今后在修订时，将视专家和读者的反映再作适当的补充。
在涉医佛经部分，我们的采录标准有三条：一是明确提及医药之内容者（不论篇幅多寡），二是有涉及解剖、生理、病理、养生、食疗等方面的篇章或句段，三是偶涉医药或疾病的相关史料。有些佛教经籍为百字文或千字文，本身的篇幅比较短小，且前后又有一定的连贯性，我们作全文收录处理；对于论医句子或段落相对集中的佛经，我们作摘录处理；对于佛经的内容比较零散，而部帙又比较浩繁的典籍，我们分段进行摘录，中间以分隔符隔之。对于佛经中偶涉医药或疾病的相关史料者，若同一卷帙中出现了多个片段，我们以跳跃式的方法予以采撷，若句子比较孤立和简短，我们则只好忍痛割爱之。
在僧医著作方面，我们采录的标准有三条：一为最后的身份为僧人者；二为书中署名僧人者；三是书中标注为寺院传承的医著者。有些人年轻时为居士，晚年才出家为僧，他们的著作统一归入僧医著作之中，如明末胡慎柔的《慎柔五书》等。相反，有些人年轻时出家，后又还俗者，他们的著作则全部归入居士的著作之中，如喻嘉言之《医门法律》《尚论篇》等。由于时代久远，有些医作的作者身份已经很难考证清楚，但只有书中标明作者是某某禅师、某某和尚、某某法师或僧人的法号者，我们就认定为是僧人的著作，如不退和尚之《少陵秘传》等。对于未署名作者或作者无法考证的医着，如果书中标明了寺院的名号者，我们即认定为僧医著作，如《竹林女科》等。
在居士著作方面，我们的采录标准有两条：一为作者的传记中有居士称号者；二是作者在自序或文稿中自称是佛门弟子者。前者有《宣明论方》与《素问玄机原病式》的作者河间居士（刘完素）、《医宗必读》的作者尽凡居士（李中梓）、《医学津梁》的作者念西居士（王肯堂）等；后者有《医学心悟》作者程国彭等。对于那些虽然是虔诚的佛教信徒，但未见其居士称号或未自称是佛门弟子或其著作的内容与佛医相距甚远者，我们也未与采列，如近代名医张锡纯，其佛学造诣颇深，与少林寺高僧的交往也甚密，但其一着《医学衷中参西录》我们并没有列入居士著作之中。
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